Nextflow ile yazılmış kütüphaneler

rnaseq

Gen/izoform sayımları ve kapsamlı kalite kontrolü ile STAR, RSEM, HISAT2 veya Somon kullanan RNA dizileme analizi boru hattı..
  • 646
  • MIT

patterns

Nextflow uygulama modellerinden oluşan derlenmiş bir koleksiyon (nextflow-io tarafından).
  • 281
  • MIT

sarek

WGS'den / hedeflenen dizilemeden germline veya somatik değişkenleri (ön işleme, değişken çağırma ve ek açıklama) tespit etmek için analiz ardışık düzeni.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq zirve çağrısı, kalite kontrol ve diferansiyel analiz boru hattı..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq pik çağırma ve KK analizi boru hattı.
  • 142
  • MIT

mag

Metagenomların montajı ve gruplanması.
  • 134
  • MIT

eager

Tamamen yeniden üretilebilir ve son teknoloji antik DNA analizi boru hattı.
  • 96
  • MIT

configs

Farklı Kurumlardaki (nf-core tarafından) bilgi işlem ortamlarına özgü parametreleri tanımlamak için kullanılan yapılandırma dosyaları.
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

RNAseq ardışık düzeni kavramının bir kanıtı.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) nadir hastalıklar için en iyi uygulamalar iş akışı.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Yeni nesil dizileme verilerinden hassas HLA yazma.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Nextflow ile kavram kanıtı RNA-Seq boru hattı.
  • 28

GATK

GATK4 En İyi Uygulamalarına Dayalı Nextflow Pipeline'ı Çağıran Germline Varyantı.
  • 11